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中国基因检测的国际化视野

聚行业--创业 同花顺金融服务网   作者: 个股  2018-01-10 13:11

创业-全文略读:早在2016年,就指出基因检测行业是第一次由中国科学家集体创业,目标直指国际化合作与竞争,将基因科技发展成为继互联网之后,中国又一个具有国际优势,能够领先全球的产业,正是看到这一方向与趋势,因此才得到了国家的大力支持...

 

创业--中国基因检测的国际化视野

 

 早在2016年,就指出基因检测行业是第一次由中国科学家集体创业,目标直指国际化合作与竞争,将基因科技发展成为继互联网之后,中国又一个具有国际优势,能够领先全球的产业,正是看到这一方向与趋势,因此才得到了国家的大力支持。

 

 经过两年的发展,我们欣喜的看到,中国基因检测企业走出国门,参与国际化合作与竞争,以世界纪录为目标,正在逐步成为现实:

 

 这中间发生了很多具有里程碑意义的事件

 

 2017年初,诺禾致源宣布引进10台PacBio Sequel,建设全球最大三代测序中心。

 

 到了2018年初,里程碑意义的事件层出不穷,中国基因检测行业不仅瞄准全球最大测序中心,主动携手国外机构展开合作,也瞄准了世界纪录,甚至标本来源也走向了全球!

 

 里程碑!国外血液标本进入中国,带动产业发展

 

 ““人体血液基因检测样本到啦!””

 

 安诺优达基因科技(北京)有限公司首席技术官楼峰博士拿着刚刚到手的样本,迫不及待地给北京亦庄国际生物试剂物流中心副总经理王洪平打了电话,这句话之后是瞬间的无语,因为再多的话语也表达不了他们的心情,他们都太清楚了,这个样本来自不易,这绝对是高风险特殊物品监管创新的又一项破冰之举,将为众多基因检测公司开拓海外市场铺平跑道。

 

 从国外(日本)机场起运及快速通关,平台查验送到实验室,全程不到24小时,这可谓是特殊物品推进改革中的一个里程碑。

 

 众所周知,人体血液及组织的入境大样本(大于100人份)必须报国家质检总局批准,期间风险评估耗时费力周期长,这对于基因检测血样通常需要在采集72个小时内进行检测实验来说,根本是一条“死路”。

 

 另一方面,基因检测产业在我国的迅猛发展,中国拥有的测序能力位居世界第二,企业走出去成为大势所趋,如果在国外建设检测实验室,不仅需要符合当地的法规,样本数不足的话,增加企业成本、质量还难以控制。

 

 一年前,北京亦庄国际生物试剂物流中心接到开发区基因检测企业的需求后,在北京市场进行了深入调研,发现这个业务对于带动北京地区基因检测产业意义重大,科技部“十三五”生物产业发展规划也指出,要积极推进基因检测等领域具有比较优势的产品“走出去”带动整个行业抢占国际市场,于是通过北京国检局向国家质检总局申请“先行先试”,在出入境特殊物品全流程一体化监管系统的全程追溯监管下,实施予以血样入境的创新政策。

 

 “为了早日促成这项服务,惠及园区企业乃至更多基因检测企业,开发区管委会领导会同北京国检局的领导多次对接,组织专家组进行风险评估考察。”王洪平说,北京国检局更是把此项改革作为“放管服”的一个重要方面,多次到开发区调研和考察。

 

 “主要是生物安全风险的有效控制,血样来自于哪儿,要去哪儿、是采自健康人的还是患者的……”王洪平解释说,这也是我们提出这项创新服务申请的支撑。北京国检局出入境特殊物品全流程一体化监管信息平台将单位备案、产品分类、风险评估、检验审批、货物报检、检疫查验、后续监管、信用管理融为一体,实现了产品监管和使用者信用监管的有机结合,你需要进出口哪些产品,风险级别怎么样,一目了然,绝大多数产品还能变多次审批为一次审批、分次核销。

 

 “一个二维码搞定,这个码不仅可以是收货码还能作为企业的生产码,每一管血液样本从境外采集的那一瞬间就被贴上了这个码,同时,系统的GSP也就开始了追踪。”在安诺优达的收货人的手机上只需装上监管系统的APP,扫描签收的信息可以实时上传到监管系统。

 

 作为后续监管的开发区国检人员则可以通过实验室的现场考察和使用记录,全程实时对血液样本的有效监管。

 

 世界速度

 

 刷新世界纪录!承启生物首次实现纯CPU“1小时人类全基因组分析”

 

 2018年伊始,深圳承启生物云计算平台搭载完全自主研发的大规模测序基础算法FANSe3,首次实现单节点1小时内完成一个人的全基因组测序分析,再次大幅刷新几个星期前腾讯云的2.8小时的世界记录。

 

 不同于腾讯云使用专用芯片的FPGA技术,深圳承启生物科技有限公司使用纯CPU方案,没有使用任何硬件加速特性,因此在成本、灵活性和通用性方面优势更为明显,不仅能运行于公司的私有云平台,也能轻松地利用国家耗费巨资建立的大科学设施。承启生物已和天河二号超算达成战略合作,其分析能力是目前地球上所有测序仪测序能力总和的一万倍以上。这意味着在可见的将来,再多的基因组大数据都能在承启生物的云平台上不费吹灰之力地进行分析,这将全面引爆基因测序数据分析在科研/临床方面的精准应用。

 

 百分钟百例,BGI Online挑战大规模人全基因组分析速度极限!

 

 近日,人全基因组的分析速度取得了新的重大突破——BGI Online与Edico Genome合作,仅用120分钟即完成了100个人的BGISEQ-500全基因组数据分析,单样本平均分析时间100分钟!从完成一个WGS分析需要数天,到百分钟百例,BGIOnline再次挑战了大规模全基因组分析的速度极限。

 

 本次极速WGS分析采用了Edico Genome开发的DRAGEN流程。通过FPGA加速的方式,此流程在保证核心算法与BWA-GATK最佳实践流程一致的同时,将WGS的分析速度提升到了极致。且通过对WGS分析结果的比较,显示DRAGEN流程的灵敏度和准确性均达到了95%以上。

 

 作为开放的基因云计算平台,BGI Online可以适应各种底层云平台,无论是在亚马逊AWS还是阿里云都有着上佳的表现。更可以兼容各种异构计算框架,从而实现多种方法对基因组分析进行加速,包括算法改进,硬件加速,并行加速等。另外,由华大自主研发的新型桌面化测序系统BGISEQ-500的数据通用性强,也适用于包括FPGA加速在内的各种基因数据分析技术和工具。

 

 国际化合作

 

 2017年,中源协和(600645)基因、乐土精准医疗、明码生物科技就已经通过引进国际化顶尖人才,与国际顶尖机构合作以及建立或收购国外据点,实现了国际化的视野和布局。2018年,这种国际化合作将更为频繁。

 

 金域医学携手Illumina开发新一代测序技术

 

 2018年1月4日,全球基因测序巨头Illumina(纳斯达克:ILMN)与中国第三医学检验行业领先者金域医学(603882)(上交所:603882)共同宣布,双方将利用Illumina的下一代测序(NGS)技术共同为中国患者开发肿瘤及遗传病检测系统,专门用于分子肿瘤及遗传性肿瘤检测。本次合作是符合中国食药监总局(CFDA)审查条件并获取相关批准的重要一步,并将成为以精准医疗造福中国患者的契机。

 

 根据双方签订的协议,Illumina与金域医学将在Illumina基因测序平台的基础上合作开发一款整合的NGS系统,并提供兼具性价比、易用的体外诊断(IVD)方法用于分子肿瘤及遗传性肿瘤检测。该系统以Illumina的MiniSeq测序系统及相关的测序耗材为基础,将金域医学专有的检测组件(包括文库制备试剂盒与分析软件)与测序仪进行整合。今后,该整合系统将有望通过金域医学超过8000家的二、三级医院客户网络,惠及全中国的癌症患者。

 

 华大智造测序仪适配10X Genomics的Chromium系统

 

 2018年1月8日,在中国深圳和美国普莱森顿,华大智造(MGI)和10XGenomics公司同时宣布BGISEQ-500RS与10XGenomics设备的linkedreads技术和单细胞转录组建库技术兼容。同时,华大表示,在第12届国际基因组学大会上发布的MGISEQ-2000和MGISEQ-200也将兼容10XGenomics系统。这两款测序仪预计在2018年2月正式发售, 华大希望通过华大系列测序仪进一步降低高通量测序成本。

 

 “华大智造已经拥有四款高通量测序仪,能够支持研究者开发更多的测序应用。通过与10XGenomics合作,华大智造能为单细胞研究者提供更多的选择空间。”华大智造CEO牟峰说。华大测序产品将具备兼容Chromium系统的能力,与单细胞3’端测序技术联合,能在细胞层面发现更多的基因表达模式。

 

贝瑞基因(000710)与10x Genomics合作升级无创DNA产前检测(NIPT)这项合作于2018年1月8日星期一上午8:00在旧金山举行的J.P. Morgan医疗峰会上由Serge Saxonov宣布。

 

 贝瑞基因牵手10x Genomics,合作升级无创DNA产前检测(NIPT),此次合作将成为贝瑞基因升级NIPT服务以及10x Genomics进入中国市场的第一步。

 

 10x Genomics是美国一家致力于基因组学研发的公司,与贝瑞基因(SZ000710)——国内最早致力于为遗传疾病提供无创式解决方案的公司,宣布就进一步开发新一代NIPT检测方法达成战略合作。这次合作是10x Genomics公司的Linked-Reads技术在NIPT方面的首次应用。

 

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